Situada numa das zonas mais típicas da cidade do Funchal, a igreja do Colégio é um dos templos mais representativos do estilo Barroco em Portugal. Construída no século XVII, tem como patrono São João Evangelista e pertenceu à Companhia de Jesus ou Jesuítas, no período de maior expansão missionária desta congregação religiosa fundada por Santo Inácio de Loiola. A igreja servia então para o serviço religioso do Colégio (começado a construir em 1599) que possuía várias dependências e era administrado para diversos fins do saber. 

Os Jesuítas chegaram à Madeira em 1570 e instalaram-se, no início, "numa das casas da Albergaria São Sebastião". Mas, logo «começaram a procurar o local ideal para se instalarem, escolhendo o quarteirão a Norte das Ruas das Queimadas. Mudaram-se em 1572 e, em 1574, ocupavam já o amplo quarteirão". 

O colégio, hoje ocupado pelas Universidades da Madeira e Católica, encontra-se dividido em cinco corredores e dois andares. "A igreja é um amplo templo jesuíta, com nave grande e alta. A nave é ladeada por capelas idênticas, sobre as quais se encontra uma passagem embutida na parede com janelas e balcões ao nível do coro. O recheio principal da igreja é o seu conjunto de retábulos de talha dourada, datados de 1647, 1648, 1654 e 1660. O altar-mor é considerado uma das joias da talha madeirense desta época. Entre as muitas capelas, a das 11 Mil Virgens destaca-se pelo seu belíssimo altar".